Как коректно выполнить деинсталяцию софта Lcard с машины (напраимер для установки нового пакета софта).

в хелпе есть глава посвященная созданию дистрибутива. Там указано какие драйвера куда кладуться.ПОсле деинсталляции  надо проверить что эти файлы удалены.Посмотреть чтобы Inf файлов в системе не было. А также поискать по реестру ключевые слова ldevisa ldevpci и удалить ключи если они остались. Это будет полная очистка машины от драйверов. После нее платы PCI должны видиться как неизвестные устройства.

А прграмму деинсталяции, как положено, слабо?

А у них у все свои глюки. вроде скажешь ей удалять, а она то удаляет,то не удаляет.

Тоже верно.
Систему вычистил. Собираюсь ставить новый дистрибутив. Однако сомнения. Существует два инсталяционных пакета: Lgraph и lcomp. В обоих существуют драйвера и библиотеки. Просьба пояснить, какой ставить.

LGraph это текущий стабильный релиз.Он идет штатно на CD. LComp экспериментальный, но скоро уже станет релизом.Они не совместимы друг с другом. Устанавливайте LGraph.