Как изменить номер порта для работы в DOS. Он как я понял жестко прописан в ППЗУ? С теми портами которые указаны наш софт отказывается работать.

1. Никакие порты в ППЗУ не прописаны. Порты, как правило, назначаются BIOS'ом компьютера при его загрузке.
2. А как ведёт себя штатный софт?

Программа написана для работы с ISA устройством. В настройках указываются прерывание, адрес, канал DMA.
Проблема в том, что нельзя ввести адрес длиной более трех символов. А у меня для L780 назначеные порты 4B00-4B0F.