В руководстве пользователя на модуль E14-440D написано: "Цепи Digital GND и AGND — это цепи 'общего провода' цифровых и аналоговых сигналов соответственно. Эти цепи, выведенные на контакты разъёмов E-440, связаны между собой (внут-ри модуля), а также с общим проводом кабеля USB и корпусом PC. "

Каким образом они объединены, если сопротивление между ними порядка 1 МОм???

Скорее всего Вы где-то ошиблись. Только что, лично, измерил обычным тестером сопротивление между контактом 3 на аналоговом разъёме (линия AGND) и контактом 17 на цифровом разъёме (линия Digital GND). Результат - порядка 0.1 Ом.

Прошу прощения, действительно ошибся...