Читаю два канала АЦП в дифференциальном режиме. Один канал заземлён, на 2-й подаю выход ЦАПа. При чтении на обоих каналах практически одно и то же значение. С небльшой разницей, и то не при всяком напряжении. Аналогичные результаты и при подключении с общей землёй и при использовании вместо ЦАПа другого источника. Наиболее подробно я тестил при дифференциальном подключении. Сначала 1-го и 2-го каналов. Потом 12 и 13-го. Результаты такие:

если читаю только 2-й канал (к нему подключён ЦАП), то при подаче напряжения от -5 до 0 В всё нормально (в буфере значени от -8000 до 0 соответственно). При подаче +5 вольт в буфере только 7312 (+/- 5)

если читаю только 1-й канал (он вообще ЗАЗЕМЛЁН), то при подаче напряжения в +5 В на 2-й канал (!. я его даже не запрашиваю в ADC_PAR.Chn) в буфере значения около 1010.

если читаю оба канала. Подаю +5 Вольт (опять только на 2-й канал. 1-й по-прежнему заземлён! Chn[0]=0; Chn[1]=1; Nch=2; ). В буфере чётные слова около 4522, нечётные - 4670.
Подаю -5 Вольт: на обоих каналах -8000.
-2,5: на обоих -4000
+2,5: на 1-м - 3990, на 2-м - 3992.

Всё вышеописанное касалось 1-го и 2-го каналов,и 1-й всё время был заземлён.

Пробовал тоже самое для 12 и 13 каналов. При отрицательном напряжении на обоих входах нули. При +5 на заземлённом канале 2741, на том канале, который к ЦАПу подключён - 3018.

В общем полный белкодром. Имею подозрение что это аппаратный глюк. Подтвредите или опровергните моё подозрение, пожалуйста.

Код инициализации я недавно приводил здесь: http://www.lcard.ru/forumthreads/3549
Разница только в NCh и Chn.

Напишите точно, какие контакты разъёма L-780M куда подключены (и какие не подключены) для дифференциального (16-канального) режима.

Для 1-го и 2-го каналов:
16,34,35 воткнуты в 17.
15-й в 18.

Одно из трёх: либо не те каналы опрашиваете,
либо настраиваете на 32-канальный режим вместо 16-канального, либо контакты неправильно считаете.
Проверяйте. Если все неиспользуемые каналы заземлить (на конт.17), то ситуация будет более понятна.

adcPar.t1.NCh = 2;
adcPar.t1.Chn[0]=0;
adcPar.t1.Chn[1]=1;

Это дифференциальный? Каналы X1 и X2 (с землями на Y1 и Y2 соответственно)?

Что значит "контакты неправильно считаете"? На клемнике же подписаны. Какие именно контакты на клемнике я цепляю я выше уже написал. Да и уж как-то больно систематически ошибаюсь. И на 32-х канальном режиме аналогичная ситуация.

Ещё один момент: цэшка показывает что напряжение на контактах именн то, которое ожидается, а не то что показывает АЦП.

Ошибок у Вас я не нашёл. Попробуйте посмотреть в L-Graph. Больше идей нет.