Как правильно распределить задержки в модуле и как правильно с него читать информацию для решения следующей задачаи.
С 1 канала прочитать 2600 точек. После этого со второго и третьего прочитать по 1 точки.
И я так и не понял когда читаешь масив точек как выделить какая точка какому каналу пренадлежит.

Порядок опроса каналов задают в управляющей таблице, размеров от 1 до 256 шагов опроса.
Вы можете, скажем, задать по максимуму в этой таблице 254 раза опрашивать 1-ый канал, 1 раз - второй канал, 1 раз -третий, и далее по циклу. Соответственно, последовательность, в которой Вы задаёте номера опроса в таблице, будут соответствовать последовательности данных, получаемых от E20-10.

Вашу задачу можно решить с E20-10 просто программно откидывая ненужные данные. 

То свойство аппаратуры, о котором Вы спрашиваете, называется "разночастотностью". Замечу, что это сегодня есть в L-791.