Что лучше с неиспользуемыми входами АЦП делать? Заземлять или пусть болтаются?

Главное не подключать к ним болтающиеся в воздухе
(не подключенные) провода, это будет идеальная
антенна, будете мерить одни помехи.
Если просто контакты разъема, то можно не
заземлять, при этом на входах может быть все,
что угодно, их просто не нужно опрашивать.

Все же лучше неиспользуемые входы всегда заземлять, потому что при больших наводках неопрашиваемые каналы могут влиять на опрашиваемые через емкости входных коммутаторов.