Данные в буфере L-783 хранятся в формате WORD т.е. от 0 до 65535. При этом данные опроса каналов могут быть и меньше нуля (отрицательное напряжение). При считывании в WORD отрицательные сигналы портятся. Как с этим бороться?

Они не портятся а надо просто привеление тип делать к short.