Код программы:
{*************** Измерение оборотов НД ************** }
Period_Meas_cmd2:
        AX0=0;
        DM(ToutErr2)=AX0;
        AY1=60000;         { счетчик таймаута }
        DM(CntTout)=AY1;
        AY1=50;
        DM(CntTout2)=AY1;
        AY0=2;             { маска для входа }
{ ожидание первого отрицательного фронта }
Period12: AR=IO(0);
        AR=AR AND AY0;
        IF EQ JUMP Period012;  {*** дождались нуля ***}
        AX0=DM(CntTout);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout)=AR;
        IF NE JUMP Period12;
        AX0=60000;
        DM(CntTout)=AX0;
        AX0=DM(CntTout2);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout2)=AR;
        IF NE JUMP Period12;
{*** выход по таймауту *** }
        AX0=1;
        DM(ToutErr2)=AX0;
        AR=0;
        DM(Nd)=AR;
        ENA INTS;
        JUMP EndOfCommand;

Period012:
        AY1=60000;         { счетчик таймаута }
        DM(CntTout)=AY1;
        AY1=50;
        DM(CntTout2)=AY1;
        AY0=2;             { маска для входа }
Period22: AR=IO(0);
        AR=AR AND AY0;
        IF NE JUMP Period022;  {*** дождались единицы ***}
        AX0=DM(CntTout);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout)=AR;
        IF NE JUMP Period22;
        AX0=60000;
        DM(CntTout)=AX0;
        AX0=DM(CntTout2);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout2)=AR;
        IF NE JUMP Period22;
{*** выход по таймауту *** }
        AX0=2;
        DM(ToutErr2)=AX0;
        AR=0;
        DM(Nd)=AR;
        ENA INTS;
        JUMP EndOfCommand;

Period022:
        DIS TIMER;
        AX0=255;
        DM(Tscale_reg)=AX0;
        AX0=0xFFFF;
        DM(Tperiod_reg)=AX0;       { такт таймера 5.3125 мкс  }
        AX0=0xFFFF;
        DM(Tcount_reg)=AX0;       {*** запустили таймер с нуля  ***}
        ENA TIMER;                 { все это 0.8 мкс }

{ ожидание второго положительного фронта }
        AY1=60000;         { счетчик таймаута }
        DM(CntTout)=AY1;
        AY1=50;
        DM(CntTout2)=AY1;
        AY0=2;             { маска для входа }
Period32: AR=IO(0);
        AR=AR AND AY0;
        IF EQ JUMP Period032;     {*** дождались нуля ***}
        AX0=DM(CntTout);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout)=AR;
        IF NE JUMP Period32;
        AX0=60000;
        DM(CntTout)=AX0;
        AX0=DM(CntTout2);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout2)=AR;
        IF NE JUMP Period32;
{*** выход по таймауту *** }
        AX0=3;
        DM(ToutErr2)=AX0;
        AR=0;
        DM(Nd)=AR;
        ENA INTS;
        JUMP EndOfCommand;

Period032:
        AY1=60000;         { счетчик таймаута }
        DM(CntTout)=AY1;
        AY1=50;
        DM(CntTout2)=AY1;
        AY0=2;             { маска для входа }
Period42: AR=IO(0);
        AR=AR AND AY0;
        IF NE JUMP Period042;  {*** дождались единицы ***}
        AX0=DM(CntTout);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout)=AR;
        IF NE JUMP Period42;
        AX0=60000;
        DM(CntTout)=AX0;
        AX0=DM(CntTout2);
        AR=AX0-AY0;
        DM(CntTout2)=AR;
        IF NE JUMP Period42;
{*** выход по таймауту *** }
        AX0=4;
        DM(ToutErr2)=AX0;
        AR=0;
        DM(Nd)=AR;
        ENA INTS;
        JUMP EndOfCommand;

Period042:
        AX0=DM(Tcount_reg);     {*** считали таймер ***}
        DIS TIMER;             { запретили счет }
        AY0=0xffff;
        AR=AY0-AX0;           { счетчик реверсивный }
{        IF EQ JUMP EndOfCommand; }
        DM(Nd)=AR;            { обороты винта }
        ENA INTS;
        JUMP EndOfCommand;

Длинно и дубово.
Используется как функция в CommandProccesing

Ситуация при отладке системы - наряду с правильными результатами измерений периода частотного сигнала проскакивают отсчеты, соответствующие когда таймер насчитал 0 или 1 отсчет.
Не пойму где возможная ошибка.

Вопросы по исходному коду:
1. Зачем при выходе из обработки команды используется оператор глобального разрешения прерываний ENA INTS? До этого прерывания где-то глобально запрещались?
2. По поводу работы таймера:
DIS TIMER;
AX0=255;
DM(Tscale_reg)=AX0;
AX0=0xFFFF;
DM(Tperiod_reg)=AX0; { такт таймера 5.3125 мкс }
AX0=0xFFFF;
DM(Tcount_reg)=AX0; {*** запустили таймер с нуля ***}
ENA TIMER; { все это 0.8 мкс }

Если это важно, то такт таймера будет не 5.3125 мкс, а 5.3333333 мкс.  А величина 0.8 мкс к чему относится?

P.S. Я бы для реализации Вашей задачи запользовал линию 19 (INT) внешнего цифрового разъёма модуля. Она заведена прямёхонько на прерывание IRQ0 DSP.

Сергей, спасибо за просмотр длинного кода.

1. Это половинка подпрограммы, соответствующая измерению периода оборотов компрессора низкого давления, в первой половинке (она полностью аналогична этой) измеряется период оборотов винта.
В начале п/п прерывания глобально запрещаю (это пробовала только для отладки, на самом деле это не важно).
2. Соответственно, поэтому и прерывание IRQ0 не использую.
3. К слову - была мысль использовать таймерное прерывание для контроля переполнения вместо таймаута, но пока остановилась на этом варианте.
4. 5.333333 мкс. Да действительно, тут я не права (коэффициент - 256, а не 255).
0.8 мкс - "мусорный" комментарий, извините.

А в целом мнение? Есть ли ошибка в программе, которая может привести к появлениям неверных
отсчетов (иногда возникают 0,1 вместо кода периода, лежащего в диапазоне 4000-20000)?

Ошибок в коде вроде бы нет. Суть Вашего алгоритма проста - перманентный опрос цифровой линии. И если входной цифровой сигнал имеет затянутые фронты, то вполне возможны сбои, о которых Вы упоминали. Поэтому с Вашей стороны требуется написать ответы на вопросы, заданные в самом конце ветки "Помехи при вводе цифровых сигналов (E14-440)":
http://www.lcard.ru/forumthreads/6332