Здравствуйте!
Имеется несколько нановольтметров без гальваноразвязки
между входом и выходом и с плавающим выходом, которые
подключены к плате L780 и будут мерить с одного
и того-же образца.
Но сделать это по псевдо-диф. схеме(с заземлением
одного из вых. контактов у всех приборов) невозможно,
из-за отсутствия развязки.
Подскажите пожалуйста как их подключать в таком случае.

И второе, я заметил, что при работе в диф режиме
сопротивление между Y-входами опрашиваемых каналов
падает до ~100kOm. Нормально ли это?

Не совсем понятна структура нановольтметров. Видимо это измерительные усилители с диф. выходами. Тогда у них д.б. высокие входные и низкие выходные сопротивления и все должно быть ОК. (При условии, что синфазное напряжение между сигналами не очень большое.)
Если частота сбора данных не более 100 Гц, можем предложить решение с поканальной гальваноразвязкой = внешний модуль E-270.

Снижение входного сопротивления платы при работе входного коммутатора - нормальное явление.

Выход приборов однофазный, несвязанный с землёй
(в руководстве по плате это называется плавающий выход),
но зато он связан со входом.
Получается, что по входу приборы связаны через
измеряемую схему плюс по выходу через провод заземления
и плюс связь вх/вых у каждого. В результате сплошная закоротка.
Насколько я понимаю выходной сигнал можно подключить к плате,
только отвязав сначала его от выхода прибора.
Как это сделать я и хотел бы узнать, или может подключать надо по-другому.

Что значит /однофазный, несвязанный с землёй / ?? - это один провод ? - а сигнал снимается по отношению к чему ?
  Выход (так же впрочем как и вход) - это всегда ДВА провода (если, конечно, речь не идет об антеннах ), один из которых может быть /общим/ (землей) если выход однофазный.
Если выход плавающий - то это дифференциальный, т.е. два провода, ни один из которых не связан непосредственно с /общим/.
  Если выходной сигнал снимается по отношению к /низкопотенциальному/ входному, то последний и является /общим/.
  Дифференциальный вход без проблем подключается к любому типу выхода при выполнении условия, упомянутого Алексеем Лапиным (подаваемый на вход L-780 сигнал с учетом синфазной составляющей не должен превышать максимально-допустимого значения).

Опишу конкретно, что у меня происходит.
Выходы нескольких приборов подключены к L780,
ка диф. сигналы, где-то в измер. схеме есть земля и
она соединена с землей карточки, на контактах выходов
приборов какие-то напряжения относительно земли,
максимум 1-2 вольта, АЦП на карте остановлен:
прибора меряют правильно.
Запускаю АЦП так, что одновременно не опрашиваются
выходы с разных приборов: все в порядке и карточка меряет правильно
Запускаю АЦП так, что происходит опрос нескольких выходов:
приборы показывают чуш, т.е в схеме что-то закоротило,
хотя карточка по прежнему меряет точно то что видно
на шкале прибора.
Я в измерениях новичок и допускаю что не учитываю
каких-то простых вещей, но хотел бы выяснить,
что я делаю не так.

Термин /закоротило/, когда речь идет о сопротивлении ~100 кОм явно неуместен. Посмотрите http://www.lcard.ru/publ-11.php3 для выбора правильного способа подключения приборов.

Уменьшить взаимное влияние каналов можно за счет уменьшения частоты преобразования АЦП (Именно частоты преобразования, а не частоты считывания сигнала, чтобы прорционально изменилась межканальная задержка. Например, в PowerGraph это условие не выполняется, поэтому в нем частоту снижать бесполезно).

Совет насчет частоты помог.
Большое спасибо.