Программа осуществляет обработку сигнала амплитудой 4 Вольта и частотой 3 кГц поданного на аналоговый вход карты. Работает нормально.
Если выключить компьютер и через некоторое время включить то программа с картой неработает.
Программа начинает работать с картой если компьютер  простоит выключенным больше 3 часов. 

Иван. Про какую программу идёт рачь?

Программа собственной разработки.
Сигнал преобразовывается в цифровую форму с частотой
200 кГц. Диапазон выбран 10 В. Каждые 10 мс. вычисляется средний период входного сигнала. Для управления задействовано четыре цифровых выхода. Используется питание +5 В. для схемы формирования входного сигнала.
Пробовал использовать цифровой вход результат аналогичный.

Иван. Для понимания ситуации давайте уточним следующие детали:
1. Сообщите серийный номер L-791 (он на плате напечатан).
2. При очередной неудачной попытке запустить программу сразу после включения компьютера измерьте  на напряжение +5В c цифрового разъёма (которое Вы используете для питания внешших цепей). Оно там присутствует? 
3. Если отключить сигналы цифрового разъёма (включая питание внешних цепей +5В), программа всегда  стартует успешно и сбор данных происходит?
4. Оцените суммарный ток по цифровым выходам и цепи +5В, который Вы снимаете с L-791. Какая величина ёмкости у Вас подключена в цепь +5В?

Эксперименты проводились для варианта с цифровым входом DI0 и цифровыми выходами DO0, DO1, DO2, DO3, DO4. На аналоговые входа сигнал не подаётся.

1. Серийный номер платы 2С101136
2. Напряжение +5 В после неудачного запуска программы отсутствует.
3. При отключении цифрового разъёма сбора данных нет.
4. Ток цепи +5 В равен 3 мА. Суммарный ток цифровых выходов 6 мА при одновременном их включении.
В цепи +5В ёмкости нет.

"Ток цепи +5 В равен 3 мА. Суммарный ток цифровых выходов 6 мА при одновременном их включении.
В цепи +5В ёмкости нет"  -- если это действительно так, то плата неисправна, передавайте в ремонт в L-Card.

- "если это действительно так, то плата неисправна"
А почему же тогда "Программа начинает работать с картой если компьютер простоит выключенным больше 3 часов" ?

Иван, ведет ли себя программа одинаково, если:
1) компьютер полностью обесточить (тумблером на БП или отключением 220 В)
2)просто Пуск-Завершение работы ... без отключения сетевого питания ?

...там по всем признакам импульсный источник гальванотвязанной части L-791 не может стартовать, вернее, стартует только через три часа -- налицо неисправность.

Эксперименты проводились для варианта с цифровым входом DI0 и цифровыми выходами DO0, DO1, DO2, DO3, DO4. На аналоговые входа сигнал не подаётся. Параллельно входам Х1-Х6 подключены резисторы 1,5 Ом, параллельно входам Х7-Х12 подключены резисторы 10 кОм. Остальные входа подключены прямо к AGND.

Сигнал с входа DI0 считывается синхронно с сбором данных с аналогового входа Х1. Питание на схемы имеющие отношение к аналоговым входам не подаётся.

Отключил вход Х1 от резистора через который он подключался к AGND.

Таким образом был устранено аномальное поведение системы.

Пробовал подключать вход Х1 через 20 кОм к AGND происходит возврат к прежнему поведению.

Компьютер полностью обестачивался.

Иван. 
Ранее Вы изложили абсолютно чёткие симптомы неисправности L-791: "Напряжение +5 В (на цифровом разъёме) после неудачного запуска программы отсутствует", при условии, что "ток цепи +5 В равен 3 мА. Суммарный ток цифровых выходов 6 мА при одновременном их включении." Поэтому я предложил передать в ремонт. Но о чём Вы пишете сейчас --  понять я не смог.

Напряжение +5 В присутствует при первом включении компьютера. При этом ток цепи +5 В равен 3 мА.
Запуск или не запуск программы не влияет на ход дальнейших событий.
При выключении компьютера и последующем включении минут через пять напряжение +5 В отсутствует и тока в этой цепи нет.
Если запустить программу то она не работает со входами и выходами карты.
Отключение входа Х1 карты от резистора через который он подключался к AGND даёт результат после включения компьютера.
Насколько это опасно для карты оставлять вход не подключенным.
Необходимо оставлять хотя бы один висящий вход в такой ситуации ?

Иван. Снова безуспешно пытаюсь Вас понять (ну просто чума...). Посудите сами:
>>При выключении компьютера и последующем включении минут через пять напряжение +5 В отсутствует и тока в этой цепи нет.
Это фраза из серии "казнить нельзя помиловать". Варианта для понимания два:
1) "последующем включении минут через пять" -- т.е выключили компьютер, включили через 5 минут,
измерили напряжение +5V -- оно отсутствует
2) "минут через пять напряжение +5В отсутствует" (т.е повторно включили компьютер и через 5 минут обнаружили, что напряжение +5V отсутствует (т.е. при включении оно присутствовало)

>> Если запустить программу то она не работает со входами и выходами карты.
Опять варианта для понимания два:
1) "Если запустить программу то она не работает" -- т.е. программа, например, вообще PCI-устройства  L-791 в системе не обнаруживает и поэтому не работает.
2)  ..."она (программа) не работает со входами и выходами карты" -- т.е. PCI-устройство в системе обнаружено, программа запустилась, но собственно сбор и выдача данных не происходит

"Отключение входа Х1 карты от резистора через который он подключался к AGND даёт результат после включения компьютера" -- о каком именно результате идёт речь?

"Насколько это опасно для карты оставлять вход не подключенным" -- прямой опасности нет, хотя в ситуации очень больших импульсных помех входы рекомендуется заземлять на AGND.

"Необходимо оставлять хотя бы один висящий вход в такой ситуации?" -- про какую именно ситуацию идет  речь -- непонятно, с другой стороны, невозможно себе представить какую-либо ситуацию, где НЕОБХОДИМО вход оставлять неподключенным (разве что, в случае неисправности этого входа типа внутреннего замыкания этого входа на питание, и тогда при cоединении с AGND проиходит КЗ цепи питания).

Прошу извинения за неточность формулировок.

При первом включении компьютера напряжение +5 В присутствует. PCI-устройство в системе обнаружено, программа запустилась, сбор и выдача данных осуществляется.

При повторном включении компьютера минут через пять  напряжение +5 В отсутствует.
PCI-устройство в системе обнаружено, программа запустилась, но сбор и выдача данных не происходит.

Для нормального запуска нужно продержать компьютер  в выключенном состоянии около 3 часов.

Отключение входа Х1 карты от резистора через который он подключался к AGND приводит при повторном включении компьютера к тому что напряжение +5 В присутствует. PCI-устройство в системе обнаружено, программа запустилась, сбор и выдача данных осуществляется.

Если подключить вход Х1 карты через 20 кОм к AGND описанная выше неисправность появляется снова.

"Если подключить вход Х1 карты через 20 кОм к AGND описанная выше неисправность появляется снова."
-- даже если все остальные контакты обоих разъёмов L-791 оставить неподключенными? Проверьте это.

Испытания карты L-791
Цифровой и аналоговый разъёмы отключены от карты.
К цепи +5 В подключен цифровой вольтметр.
К цифровому выходу DO2 подключен вход осциллографа.

18.4.2007г
1. 9:50; Включение. +5 В присутствует, PCI-устройство с системе обнаружено, программа запускается, сбор и выдача данных есть. В дальнейшем при наличии +5 В перечисленные выше в этом пункте свойства присутствуют но не указываются.
2. 10:01; Выключение.
3. 10:16; Включение. +5 В отсутствует, PCI-устройство с системе обнаружено, программа запускается, сбора и выдачи данных нет. В дальнейшем при отсутствии +5 В перечисленные выше в этом пункте свойства присутствуют но не указываются.
4. 10:29; Выключение.
5. 10:40; Включение. +5 В отсутствует.
6. 10:52; Выключение.
7. 11:04; Включение. +5 В отсутствует.
8. 11:16; Выключение.
9. 16:27; Включение. +5 В присутствует.
10. 16:37; Выключение.
11. 16:43; Включение. +5 В отсутствует.
12. 16:48; Выключение.
13. 16:54; Включение. +5 В отсутствует.
14. 16:57; Выключение.

19.4.2007г
1. 8:32; Включение. +5 В присутствует.
2. 8:44; Выключение.
3. 9:02; Включение. +5 В отсутствует.
4. 9:16; Выключение.
5. 9:35; Включение. +5 В отсутствует.
6. 9:44; Выключение.
7. 15:29; Включение. +5 В присутствует.
8. 15:39; Выключение.
9. 16:08; Включение. +5 В отсутствует.
10. 16:20; Выключение.
11. 16:48; Включение. +5 В отсутствует.
12. 16:55; Выключение.

Передавайте плату в ремонт.