как можно и можно ли математическую модель разработаную в matlabe перенести на  процесор ltra с сохранением использования подключаемых модулей(плат)

По-видимому, это надо делать в два этапа: сначала представить матмодель в виде алгоритма на C (в целочисленной арифметике), а потом собрать с ним модифицированную версию прошивки BlackFin для LTR-EU.

а под чем собирать? прошивку для ltr

Прошивка под LTR собирается в среде VisualDSP.