Допустимо ли оставлять входы IN разъема "DIGITAL I/O" "висящими в воздухе" или переводить их в "третье состояние"?

Входы IN модуля Е14-440 не управляются, может быть, Вы перепутали их с выходами OUT? Подключать входы можете как Вам удобно. Единственное замечание, на "висящих в воздухе" входах зафиксируется произвольное не определённое состояние, если эти биты Вы программно игнорируете, ошибок не будет.

Вообще функция  <<третье состояние>> бывает только у выходов, а также у двунаправленных линий, поэтому Ваш вопрос не совсем понятен: из какой именно альтернативы Вы выбираете?

Александр!
Вопрос в том, можно ли входы IN оставлять без подтяжки к "земле" или шине +5 В. Не приведет это к тому, что входы модуля (а это КМОП схемы)будут повреждены?

Евгений. Эти входы, как и в большинстве современных CMOS цифровых схем общего применения,
от отсутствия подтяжки не выходят из строя. Другое дело, что если стремиться 
к корректности подключений, то неиспользуемые цифровые входы желательно подключить к GND, либо к +3,3...+5 В, если это напряжение взято от данного устройства, а не подано извне.
Дело в том, что при плавающем напряжении на входе CMOS увеличивается ток потребления данной микросхемы, и при некоторых обстоятельствах это даже может привести к редко возникающему сбою по другим входам этой микросхемы. Но к выходу из строя это не приведёт. В общем случае, к входам с функцией триггера Шмидта, а также к входам с резисторными подтяжками, эти опасения
не относятся.