В программе собираю данные с двух каналов в дифференцированном режиме. После отключения генератора, подключенного к плате, когда уровень сигнала на обоих опрашиваемых каналах падает до 0 (или почти до 0) компьютер полностью зависает. Связано ли это с платой и как этого можно избежать?

использую плату L783

Например, если системный блок заземлён (что есть правильно), а генератор либо не заземлён, либо подключен к другой удалённой точке заземления, то при подсоединении/отсоединении генератора Вы пропускаете через L-783 и контакты PCI-интерфейса мощный импульс тока, от чего системная шина компьютера сбивается. Аналогично будет, если генератор заземлён, а системный блок - нет, тогда тоже мало не покажется... Заземлять всё оборудование нужно в одной точке, тогда проблем таких не будет!
Посмотрите также, чтобы все винты материнской платы на корпус системного блока были надёжно привинчены, и корпус источника питания хорошо был присоединён к корпусу системного блока.

Если всё же предполагается в системе специально  разрывать цепь заземления генератора "на ходу", тогда есть следующие варианты обеспечения ЭМС:
1) Цепь заземления нужно подсоединять первой, а отсоединять последней
2) Постоянно заземлить общий провод, идущий от генератора к L-783 (цепь AGND), в точку заземления системного блока
3) Тоже, что в п.2), только дополнительно пропустить все цепи, идущие от генератора, через синфазный фильтр, например:
http://www.lcard.ru/products/accesories/ltr-cmf
- это мера фактически защищает от искрящего относительно земли источника. В откровенно тяжелых случаях фильтр можно включать как многозвенный.

После заземления всего оборудования зависания не прекратились. Зависания также происходят после понижения амплитуды сигнала до почти минимального уровня и после начала сбора данных с канала, на который не подается сигнал вообще.

Роман. Теперь давайте конкретнее:
- Какой тип генератора?
- Какая конфигурация компьютера (тип материнской платы)? Какой корпус использован, ATX?
- Как именно заземлили (подробно)? Какое ещё окружающее оборудование заземлено туда же?
- Как именно подключили генератор к L783, примерная длина кабеля?

Генератор низкочастотный Г3-118 http://www.jais.ru/PICT/2/g3-118.jpg
Материнская плата MSI KT6 Delta, корпус ATX
Проводом соединен выход для заземления на задней панели генератора, аналоговая земля на разъеме платы и корпус (провод прикручен винтом к задней стенке корпуса возле блока питания).
К плате подключен второй (на картинке снизу справа, с пометкой ||) выход генератора к тринадцатому дифференцированному входу платы.

примерная длинна кабеля 2 метра

- Какой номер контакта разъёма L783 к какой цепи подключен?
Роман, я тоже сталкивался с тем, что у данного типа генератора действительно при включении/выключении питания происходит высокочастотный бросок тока по общему проводу с его выхода относительно цепи заземления. Погасить данное явление можно следующим образом: возьмите большое ферритовое кольцо марки 1000НМ,1500НМ, 2000НМ или зарубежное (EPCOS) из феррита марки  N87,  пропустите коаксиальный провод от генератора через кольцо 5-10 раз. 
Можно поступить иначе: применить готовый синфазный фильтр http://www.lcard.ru/products/accesories/ltr-cmf на входе L-783.

http://www.chipdip.ru/catalog/show/ferrites.aspx

Спасибо, попробую.

Аналоговую землю на разъеме платы на корпус компьютера соедините отдельным проводом, максимально коротко.

После нескольких опытов выяснилось что зависания происходят даже когда к плате не подключено ничего.
С помощью приведенной ниже программы выяснилось что зависает компьютер в среднем через 40-45 секунд сбора.

#include <Windows.h>
#include <iostream>
#include "..//include//ioctl.h"
#include "..//include//ifc_ldev.h"
#include "..//include//create.h"
#include "..//include//pcicmd.h"

#define fifo 1024
ADC_PAR setAdcPar() {
    ADC_PAR adcPar;

    adcPar.t1.s_Type = L_ADC_PARAM;
    adcPar.t1.AutoInit = 1;
    adcPar.t1.dRate = 100;
    adcPar.t1.dKadr = 0.01;
    adcPar.t1.SynchroType = 3;
    adcPar.t1.SynchroSensitivity = 0;
    adcPar.t1.SynchroMode = 0;
    adcPar.t1.AdChannel = 0;
    adcPar.t1.AdPorog = 0;
    //channels
    adcPar.t1.NCh = 1;
    adcPar.t1.Chn[0] = 12;

    adcPar.t1.FIFO = fifo;
    adcPar.t1.Pages = 2;
    adcPar.t1.IrqStep = fifo;
    adcPar.t1.IrqEna = 1;
    adcPar.t1.AdcEna = 1;

    return adcPar;
}

int main() {
    using namespace std;
    IDaqLDevice *device;
    USHORT *data;
    ULONG *sync;

    CallCreateInstance("lcomp.dll");

    ADC_PAR adcPar = setAdcPar();
    DWORD tm = 10000000;

    LUnknown *unknownDevice;
    unknownDevice = CreateInstance(0);
    unknownDevice->QueryInterface(IID_ILDEV, (void**) &device);
    unknownDevice->Release();

    device->OpenLDevice();
    device->LoadBios("l783");
    device->PlataTest();

    SLOT_PAR slotPar;
    PLATA_DESCR_U2 pd;
    device->GetSlotParam(&slotPar);
    device->ReadPlataDescr(&pd);

    device->FillDAQparameters(&adcPar.t1);
    device->RequestBufferStream(&tm, L_STREAM_ADC);
    device->SetParametersStream(&adcPar.t1, &tm, (void**) &data, (void**) &sync, L_STREAM_ADC);

    device->EnableCorrection();
    device->InitStartLDevice();
    device->StartLDevice();

    for (int i = 0; i < 60; i ++) {
        cout << i << " seconds passed" << endl;
        Sleep(1000);
        system("cls");
    }

    device->CloseLDevice();
    device->Release();
}

Если зависает с физически отсоединённым сигнальным разъёмом, значит, дело совсем не в сквозных токах от генератора, с которыми пытались бороться...

pages 16 или 32 установите. Или скажите как работает L-Graph и оригинальный тестовый пример..

при pages=16 зависания не прекратились, l-graph2 вызывал подобные зависания, но очень редко. Оригинальный тестовый пример отличался тем, что в нем собранные данные выводились графически(с помощью opengl). Если к плате не подключен ни один провод то зависание происходит через 41с после начала сбора. Если аналоговая земля подключена к корпусу компьютера - 12с. Более-менее стабильно все работало при подаче сигнала с генератора, но зависания происходили при резкой смене частоты или амплитуды а также через несколько секунд после выключения генератора, в момент когда получаемый график, плавно сходясь к нулю, достигал его.

а на другом компе? или даже в другом месте?

На другом компе сейчас нет возможности проверить.

В другом PCI-слоте проверьте. В биосе посмотрите, не разогнана ли частота PCI-шины. Должно быть не больше 33,3 МГц.

В другом слоте через 35 секунд завис. Шина не разогнана.

Роман, если под Lgraph2 на другом компе без подключенного входного разъёма эффект повторится, то это похоже на неисправность L-783. В частности, от не заземлённого оборудования такая неисправность могла произойти.

Сейчас проверяем через l-graph1 без подключенных проводов, заметили, что сразу зависает на 6 и 13 каналах.

Пробуйте на другом компе, другого варианта не вижу.

Поняли в чем проблема. Генератор при включении/выключении сжег несколько резисторов на плате.

Роман, если так, то я сомневаюсь, что L-783 вообще будет целесообразно ремонтировать, поскольку сквозные токи, выжигающие резисторы на плате - это очень тяжелый случай.