Недавно приобрели Ваш 16 позиционный LTR крейт, с действующей поверкой. 8 позиций в крейте свободные. Хотели его до оснастить  модулями.
Как быть в таком случае с поверкой крейта? так как свидетельство о поверке выдано на скомпонованный крейт, а не на отдельные модули?

Правильней всего весь крейт отдать заново в поверку. Вообще, тема реконфигурации LTR - формально непростая, и по этому поводу написана статья FAQ: http://www.lcard.ru/support/faq/ltr_reconfig