Здравствуйте.
1. В руководстве пользователя по E-502 рекомендовано: если есть выбор, источники сигнала необходимо подключать дифференциальным способом, поскольку, при прочих равных, это обеспечит лучшие условия измерений.
2. C другой стороны, расположение ваших источников сигналов (и топология их реализуемых соединений) может не позволить подключить их корректно с "общей землёй", поскольку может оказаться невозможным правильно подсоединить "звездой" цепи "обших проводов" источников сигналов ко входам AGND и GND32 модуля E-502. Вместо этого может оказаться возможным их соединить только "последовательным обходом", что будет некорректно для измерительной цепи с "общей землёй".
3. По поводу возможных решений подключения термопар, компенсации ХС и подключения термометров сопротивления для измерения температуры ХС см.:
https://www.lcard.ru/support/faq/adc_for_thermopair
https://www.lcard.ru/support/faq/adc_for_rtd
https://www.lcard.ru/products/accesories/lp-04-m (примеры подключения см. на вклвдке "Подключение")
Нужно ли компенсировать XC? - этот вопрос относится к необходимой точности измерения температуры, но требований к точности Вы пока не сформулировали. В простейшем случае, если температура XC примерно известна, то её примерно и учитывают при расчёте температуры ГС.