В Паверграфе, при считыываении одного канала появляются помехи если подавать сигнал на соседние каналы.  Можно ли сделать физическое считывание только одного канала, чтобы сигналы соседних каналов не влияли на показатели?

Функционально (физически) в E14-440 одноканальный режим имеется. По powergraph наверное нужно спрашивать у празработчиков этого ПО на http://www.powergraph.ru/

Если в PowerGraph регистрируется один канал, значит и физически в АЦП считывается один канал.

Почему Вы решили, что помехи связаны с "самопроизвольным" считыванием других каналов, а не с наводнами в аналоговых цепях?

При включении одного канала (канал 2) и визуализации в PowerGraph одного луча осцелограмы при воздействии на первый канал изменяется значение второго канала

Eugene, повышенное межканальное прохождение в одноканальном режиме может быть вызвано чисто электрическими причинами:
-- неправильным подключением, например, способ подключения не соответствует программной настройке на 16-ти (дифф.) или 32-канальный (с общей  землёй)  режим )
-- превышением диапазона +-10V относительно AGND на любом из входов X0-X15, Y0-Y15, GND32
-- перекрёстной наводкой между внешними цепями разных каналов (на это Вам  PowerGraph намекал).
Для выяснение причин требуется знать способ подключения E14-440, характеристики источников сигналов, программные настройки, количественные данные наблюдаемого эффекта

Правильно ли я понимаю, что формат управляющей таблицы указывает количество каналов считывания и физический номер  аналового канала.

Eugene, возможно и правильно, но архитектура E14-440 полностью в руководстве описана
http://www.lcard.ru/download/e14_440_users_guide.pdf
Если Вы прочли руководство и возникли вопросы, то задавайте вопрос с ссылками на пункт и руководства и с цитатами.

Описание архитектуры здесь:
http://www.lcard.ru/download/e14_440_pr … _guide.pdf